TU Berlin

Seminar Biomolekulare Simulation WiSe 2015/2016

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Seminar "Biomolekulare Simulation"

Termine
Sekretariat
MA 568
Alexandra Schulte

Beschreibung

Für die Simulation von Biomolekülen sind Modelle notwendig, die es uns erlauben zeitabhängige Prozesse (z. B. Konfirmationsänderungen) sowie Strukturen und Stabilitäten eines molekularen Systems zu beschreiben und gar vorherzusagen.

In den ersten Vorträgen des Seminars werden die fundamentalen biochemischen Grundlagen von Biomolekülen vorgestellt und ihre Beschreibung der Dynamik aus den Gesetzen der klassischen Mechanik hergeleitet. Hier schließt sich die entsprechende numerische Realisierung (Zeitintegration, Stabilität ,…) an.

Eng damit verbunden ist die Frage, wie man die Struktur der Moleküle in einem Rechner darstellt und wie man Kraftfelder modelliert bzw. verwendet. Des Weiteren wird erläutert, wie der Einfluss von Temperatur auf die Dynamik entsprechend modelliert (statistische Physik) und dann entsprechend umgesetzt werden kann (Thermostate, Langevin).

Einfache Simulationen mit Anleitung können auch durchgeführt werden.

Literatur

Wird während des Seminars bekanntgegeben.

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