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HPC clusterJobs mit großem Speicherbedarf

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Jobs mit großem Speicherbedarf

Jobs benötigen oft mehr als die voreingestellten 1GB Hauptspeicher. Zu diesem Zweck gibt es die Resource mem_free. Beispielsweise fordert

#$ -l mem_free=16G

im Header des Jobscripts 16GB für den Job an. Zu beachten ist hier, dass bei parallelen Jobs die Anforderung pro Slot gilt.

#$ -pe mp 4
#$ -l mem_free=16G

Dieser Job fordert also insgesamt 4 x 16 = 64Gb Hauptspeicher an. Bei MPI-Jobs wird der Speicher zusammen mit den Slots über die beteiligten Knoten verteilt reserviert.

Sollte der Job zur Laufzeit mehr Speicher anfordern, als im Jobscript reserviert wurde, dann bricht der Job mit einer Fehlermeldung ab. Der verfügbare Speicher auf den jeweiligen Knoten ist aus der Hardwareliste ersichtlich.

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